應(yīng)用PMDK修改WAL操作使之適配持久化內(nèi)存

這幾個(gè)補(bǔ)丁能夠通過使用PMDK對(duì)存儲(chǔ)在持久化內(nèi)存PMEM上的WAL日志進(jìn)行讀寫。PMEM是下一代存儲(chǔ)介質(zhì)，具有一系列特性：快速、字節(jié)尋址、非易失。

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Pgbench是PG的通用benchmark，使用benchmark進(jìn)行測(cè)試，這些補(bǔ)丁修改后的PG比原生PG性能提升5%。使用我們的insert benchmark，能夠比原生PG快90%。下面進(jìn)行詳細(xì)描述。

這個(gè)e-mail包括以下幾部分：

A）PMDK

B）補(bǔ)丁

C）測(cè)試方法及結(jié)果

PMDK

PMDK提供函數(shù)使應(yīng)用能夠直接訪問PMEM，無需通過內(nèi)核作為內(nèi)存。API包括：

1）open PMEM文件的API、create PMEM文件的API、map PMEM文件到虛擬地址的API

????PMDK利用DAX文件系統(tǒng)特性提供這些API函數(shù)。DAX文件系統(tǒng)對(duì)PMEM敏感，允許直接訪問PMEM，而不使用內(nèi)核的page cache?？梢允褂脴?biāo)準(zhǔn)的mmap函數(shù)將DAX文件系統(tǒng)中的文件映射到內(nèi)存。更進(jìn)一步說，通過將PMEM中的文件映射到虛擬地址，應(yīng)用可以使用CPU的 load/store指令替代read/write訪問PMEM。

2）讀寫 PMEM文件的API

PMDK提供API：類似memcpy()函數(shù)，通過single instruction、multiple data instruction、NT storage instruction 將數(shù)據(jù)拷貝到PMEM。這些指令能夠提升拷貝性能。因此這些API比read/write更快。API參考：

[1] http://pmem.io/pmdk/

[2]https://www.usenix.org/system/files/login/articles/login_summer17_07_rudoff.pdf

[3] SIMD: 對(duì)加載數(shù)據(jù)進(jìn)行操作的單指令。如果SIMD系統(tǒng)一次加載8字節(jié)數(shù)據(jù)到寄存器，那么到PMEM的存儲(chǔ)操作會(huì)同時(shí)對(duì)所有8字節(jié)值進(jìn)行。

[4] NT store instructions: 該指令跳過CPU cache，因此使用該指令不需要flush。

補(bǔ)丁

補(bǔ)丁修改：

0001-Add-configure-option-for-PMDK.patch:添加--with-libpmem配置，通過pmdk庫執(zhí)行IO

0002-Read-write-WAL-files-using-PMDK.patch:

使用PMDK函數(shù)對(duì)WAL進(jìn)行IO操作

wal_sync_method參數(shù)增加pmem-drain，用于標(biāo)明PMEM上wal sync方式。

0003-Walreceiver-WAL-IO-using-PMDK.patch:

????對(duì)于備機(jī)的walreciver進(jìn)程，使用PMDK寫日志。

執(zhí)行方式及結(jié)果

???環(huán)境：

? Server: HP ProLiant DL360 Gen9

CPU: ???Xeon E5-2667 v4 (3.20GHz); 2 processors(without HT)

DRAM: ??DDR4-2400; 32 GiB/processor

????????(8GiB/socket x 4 sockets/processor) x 2 processors

NVDIMM: DDR4-2133; 32 GiB/processor

????????(8GiB/socket x 4 sockets/processor) x 2 processors

HDD: ???Seagate Constellation2 2.5inch SATA 3.0. 6Gb/s 1TB 7200rpm x 1

OS: ????Ubuntu 16.04, linux-4.12

DAX FS: ext4

NVML: ??master(at)Aug 30, 2017

PostgreSQL: master

Note: I bound the postgres processes to one NUMA node, and the benchmarks to other NUMA node.

?

1）配置pmem，將之作為一個(gè)塊設(shè)備

????# ndctl list

# ndctl create-namespace -f -e namespace0.0 --mode=memory -M dev

2）在pmem上創(chuàng)建一個(gè)文件系統(tǒng)，以DAX方式掛載

????# mkfs.ext4 /dev/pmem0

# mount -t ext4 -o dax /dev/pmem0 /mnt/pmem0

3）設(shè)置PMEM_IS_PMEM_FORCE，表示W(wǎng)AL文件存放在PMEM上

???注意，沒有設(shè)置這個(gè)環(huán)境變量，PG的進(jìn)程啟動(dòng)不起來

???# export PMEM_IS_PMEM_FORCE=1

4）安裝PG

???安裝Pg時(shí)有3個(gè)重要注意事項(xiàng)：

a. Configure時(shí)添加--with-libpmem："./configure --with-libpmem"

b. 將WAL目錄存放到PMEM上

c. 將wal_sync_method參數(shù)由fdatasync改為pmem_drain

???具體操作：

# cd /path/to/[PG_source dir]

# ./configure --with-libpmem

# make && make install

# initdb /path/to/PG_DATA -X /mnt/pmem0/path/to/[PG_WAL dir]

# cat /path/to/PG_DATA/postgresql.conf | sed -e s/#wal_sync_method\ =\

fsync/wal_sync_method\ =\ pmem_drain/ > /path/to/PG_DATA/postgresql.conf.

tmp

# mv /path/to/PG_DATA/postgresql.conf.tmp /path/to/PG_DATA/postgresql.conf

# pg_ctl start -D /path/to/PG_DATA

# created [DB_NAME]

5）執(zhí)行2個(gè)benchmark，一個(gè)是pgbench，一個(gè)是my insert benchmark

??Pgbench:

??????# numactl -N 1 pgbech -c 32 -j 8 -T 120 -M prepared [DB_NAME]

??????執(zhí)行pgbench三次的平均值：

??????wal_sync_method=fdatasync: ??tps = 43,179

wal_sync_method=pmem_drain: ?tps = 45,254

??pclinet_thread：my insert benchmark

??????準(zhǔn)備：

??????CREATE TABLE [TABLE_NAME] (id int8, value text);

ALTER TABLE [TABLE_NAME] ALTER value SET STORAGE external;

PREPARE insert_sql (int8) AS INSERT INTO %s (id, value) values ($1, '

[1K_data]');

執(zhí)行：

BEGIN; EXECUTE insert_sql(%lld); COMMIT;

Note: I ran this quer 5M times with 32 threads.

?

# ./pclient_thread

Invalid Arguments:

Usage: ./pclient_thread [The number of threads] [The number to insert

tuples] [data size(KB)]

# numactl -N 1 ./pclient_thread 32 5242880 1

?

測(cè)試三次的平均值：

wal_sync_method=fdatasync: ??tps = ?67,780

wal_sync_method=pmem_drain: ?tps = 131,962

?

Attachment	Content-Type	Size
0001-Add-configure-option-for-PMDK.patch	application/octet-stream	5.1?KB
0002-Read-write-WAL-files-using-PMDK.patch	application/octet-stream	46.9?KB
0003-Walreceiver-WAL-IO-using-PMDK.patch	application/octet-stream	4.8?KB

?

?

?

?

?

?

原文

https://www.postgresql.org/message-id/C20D38E97BCB33DAD59E3A1%40lab.ntt.co.jp

網(wǎng)頁題目：應(yīng)用PMDK修改WAL操作使之適配持久化內(nèi)存
標(biāo)題網(wǎng)址：http://aaarwkj.com/article16/goojdg.html

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