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怎么分析MongoDbMmap引擎

這篇文章給大家介紹怎么分析MongoDB Mmap引擎,內容非常詳細,感興趣的小伙伴們可以參考借鑒,希望對大家能有所幫助。

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MongoDB在3.0之前一直使用mmap引擎作為默認存儲引擎,本篇從源碼角度對mmap引擎作分析,業(yè)界一直以來對10gen用mmap實現(xiàn)存儲引擎褒貶不一,本文對此不作探討。

存儲按照db來分目錄, 每個db目錄下有 .ns文件 {dbname}.0, {dbname}.1 等文件。journal 目錄下存放的是WAL(write ahead log) 用于故障恢復。 目錄結構如下:

db
|------journal
           |----_j.0
           |----_j.1
           |----lsn
|------local
           |----local.ns
           |----local.0
           |----local.1
|------mydb
           |----mydb.ns
           |----mydb.0
           |----mydb.1

這三類文件構成了mmap引擎的持久化單元。本文主要從代碼層次分析每類文件的結構。

Namespace元數(shù)據(jù)管理

.ns文件映射

mmap引擎加載某個database時,首先初始化namespaceIndex,namespaceIndex相當于database的元數(shù)據(jù)入口。
mongo/db/storage/mmap_v1/catalog/namespace_index.cpp

 89    DurableMappedFile _f{MongoFile::Options::SEQUENTIAL};      
 90    std::unique_ptr<NamespaceHashTable> _ht;               
154    const std::string pathString = nsPath.string(); 
159    _f.open(pathString);
232    p = _f.getView();
242    _ht.reset(new NamespaceHashTable(p, (int)len, "namespace index"));

如上,創(chuàng)建對.ns文件的mmap,將內存的view直接映射到hashtable上(不不進行任何解析)。因此.ns文件是一個hashtable的內存鏡像。

hashtable的key-value關系string->NamespaceDetails(namespace_details.h),采用的是開放尋址hash。

39 int NamespaceHashTable::_find(const Namespace& k, bool& found) const {        
46     while (1) {        
47         if (!_nodes(i).inUse()) {        
48             if (firstNonUsed < 0)
49                 firstNonUsed = i;        
50         }       
51        
52         if (_nodes(i).hash == h && _nodes(i).key == k) {        
53             if (chain >= 200) 
54                 log() << "warning: hashtable " << _name << " long chain " << std::endl;        
55             found = true; 
56             return i;        
57         }        
58         chain++;        
59         i = (i + 1) % n; 
60         if (i == start) {        
62             log() << "error: hashtable " << _name << " is full n:" << n << std::endl;        
63             return -1;
64         }       
65         if (chain >= maxChain) {        
66             if (firstNonUsed >= 0)        
67                 return firstNonUsed;
68             log() << "error: hashtable " << _name << " max chain reached:" << maxChain << std::endl;
69             return -1;
70         }       
71     }       
72 }

上述過程是開放式尋址hash的經(jīng)典的查找過程,如果有沖突,向后跳一格,如果跳到查找的起點依然沒有找到可用的空槽,則說明hashtable滿了。

元數(shù)據(jù)內容窺探

一個NamespaceDetails對象對應該db下的某張表的元數(shù)據(jù)(namespace_index.h),大小為496bytes,mongod默認為.ns文件分配16MB的空間,且.ns文件唯一且不可動態(tài)伸縮空間,可以推斷出一個mongod實例至多可建表大概30000個。該類有22個字段,重要字段有如下6個。

struct NamespaceDetails {
// extent對應于一個內存連續(xù)塊,由于mmap,也是文件連續(xù)區(qū)域。一張表有多個extent。
// 以雙向鏈表的形式組織,firstExtent和lastExtent分別對應extent的首尾指針
DiskLoc firstExtent;  
DiskLoc lastExtent;
// 有若干種(26種)按照最小尺寸劃分的freelist,
// 表中刪除掉的行對應的數(shù)據(jù)塊放到freelist中,按照數(shù)據(jù)塊的尺寸劃分為若干規(guī)則的freelist。
DiskLoc deletedListSmall[SmallBuckets];
// 兼容舊版本mmap引擎的廢棄字段
DiskLoc deletedListLegacyGrabBag;
// 該表是否是capped,capped-table是ring-buffer類型的table,MongoDB中用來存放oplog
int isCapped;
// 和deletedListSmall字段一樣,都是freelist的一部分,只是大小不同
DiskLoc deletedListLarge[LargeBuckets];
}

為了便于下文闡述,結合上述對namespaceIndex構建過程的描述與對元數(shù)據(jù)的注解,筆者先勾勒出如下的元數(shù)據(jù)結構。

單表結構

上文我們討論了單表元數(shù)據(jù)(NamespaceDetails)中重要字段的含義,接下來進行深入探討。

Extent的組織形式

每張表由若干extent組成,每個extent為一塊連續(xù)的內存區(qū)域(也即連續(xù)的硬盤區(qū)域),由firstExtent 和 lastExtent 記錄首尾位置,每個extent的結構為

/*extents are datafile regions where all the records within the region belong to the same namespace.*/
struct Extent {
    DiskLoc myLoc;
    DiskLoc xnext; //雙向鏈表中前節(jié)點指針
    DiskLoc xprev; //雙向鏈表中后節(jié)點指針
    Namespace nsDiagnstic;
    int length;
    // 一個Record對應表中的一行,每個extent在物理上由若干地址連續(xù)的
    // Record組成,但是這些record在邏輯上的前后關系并不等價于物理上
    // 的前后關系,first/last Record維護了邏輯上的先后關系,在維護游
    // 表迭代時使用
    DiskLoc firstRecord;
    DiskLoc lastRecord;
    char _extentData[4];
}

上述描述的組織結構如下圖所示:

Extent 的分配與回收由ExtentManger管理,ExtentManager 首先嘗試從已有文件中分配一個滿足條件的連續(xù)塊,如果沒有找到,則生成一個新的{dbname}.i 的文件。

143 void DataFile::open(OperationContext* txn,                                                       
144                     const char* filename,                                                         
145                     int minSize,                                                                 
146                     bool preallocateOnly) {                                                       
147     long size = _defaultSize();                                                                   
148                                                                                                   
149     while (size < minSize) {                                                                     
150         if (size < maxSize() / 2) {                                                               
151             size *= 2;                                                                           
152         } else {                                                                                 
153             size = maxSize();                                                                     
154             break;                                                                               
155         }                                                                                         
156     }                                                                                             
157                                                                                                   
158     if (size > maxSize()) {                                                                       
159         size = maxSize();                                                                         
160     }                                                                                             
161                                                                                                   
162     invariant(size >= 64 * 1024 * 1024 || mmapv1GlobalOptions.smallfiles);

文件的大小 {dbname}.0的大小默認為64MB。 之后每次新建會擴大一倍,以maxSize(默認為2GB)為上限。

一個extent被分為若干Records,每個Record對應表中的一行(一個集合中的文檔),每一張表被RecordStore類封裝,并對外提供出CRUD的接口。

Record分配

首先從已有的freelist(上文中提到的deletedBuckets)中分配,每張表按照內存塊尺寸維護了不同規(guī)格的freelist,每個freelist是一個單向鏈表,當刪除Record時,將record放入對應大小的freelist中。
如下按照從小到大的順序遍歷DeletedBuckets,如果遍歷到有空閑且符合大小的空間,則分配:

107         for (myBucket = bucket(lenToAlloc); myBucket < Buckets; myBucket++) {
108             // Only look at the first entry in each bucket. This works because we are either
109             // quantizing or allocating fixed-size blocks.
110             const DiskLoc head = _details->deletedListEntry(myBucket);
111             if (head.isNull())
112                 continue;
113             DeletedRecord* const candidate = drec(head);
114             if (candidate->lengthWithHeaders() >= lenToAlloc) {
115                 loc = head;
116                 dr = candidate;
117                 break;
118             }
119         }

上述代碼分配出一塊尺寸合適的內存塊,但是該內存塊依然可能比申請的尺寸大一些。mmap引擎在這里的處理方式是:將多余的部分砍掉,并歸還給freelist。

133     const int remainingLength = dr->lengthWithHeaders() - lenToAlloc;
134     if (remainingLength >= bucketSizes[0]) {
135         txn->recoveryUnit()->writingInt(dr->lengthWithHeaders()) = lenToAlloc;
136         const DiskLoc newDelLoc = DiskLoc(loc.a(), loc.getOfs() + lenToAlloc);
137         DeletedRecord* newDel = txn->recoveryUnit()->writing(drec(newDelLoc));
138         newDel->extentOfs() = dr->extentOfs();       
139         newDel->lengthWithHeaders() = remainingLength;
140         newDel->nextDeleted().Null();
141         
142         addDeletedRec(txn, newDelLoc);
143     }

上述分片內存的過程如下圖所示:

如若從已有的freelist中分配失敗,則會嘗試申請新的extent,并將新的extent加到尺寸規(guī)則最大的freelist中。并再次嘗試從freelist中分配內存。

 59 const int RecordStoreV1Base::bucketSizes[] = {
  ...
 83     MaxAllowedAllocation,      // 16.5M
 84     MaxAllowedAllocation + 1,  // Only MaxAllowedAllocation sized records go here.
 85     INT_MAX,                   // "oversized" bucket for unused parts of extents.
 86 };
 87

上述過程為mmap引擎對內存管理的概況,可見每個record在分配時不是固定大小的,申請到的內存塊要將多出的部分添加到deletedlist中,record釋放后也是鏈接到對應大小的deletedlist中,這樣做時間久了之后會產生大量的內存碎片,mmap引擎也有針對碎片的compact過程以提高內存的利用率。

碎片Compact

compact以命令的形式,暴露給客戶端,該命令以collection為維度,在實現(xiàn)中,以extent為最小粒度。

compact整體過程分為兩步,如上圖,第一步將extent從freelist中斷開,第二步將extent中已使用空間copy到新的extent,拷貝過去保證內存的緊湊。從而達到compact的目的。

  1. orphanDeletedList 過程
    將collection 對應的namespace 下的deletedlist 置空,這樣新創(chuàng)建的record就不會分配到已有的extent。

    443         WriteUnitOfWork wunit(txn);
    444         // Orphaning the deleted lists ensures that all inserts go to new extents rather than
    445         // the ones that existed before starting the compact. If we abort the operation before
    446         // completion, any free space in the old extents will be leaked and never reused unless
    447         // the collection is compacted again or dropped. This is considered an acceptable
    448         // failure mode as no data will be lost.
    449         log() << "compact orphan deleted lists" << endl;
    450         _details->orphanDeletedList(txn);

  2. 對于每個extent,每個extent記錄了首尾record,遍歷所有record,并將record插入到新的extent中,新的extent在插入時由于空間不足而自動分配(參考上面的過程),extent重新設置從最小size開始增長。

    452     // Start over from scratch with our extent sizing and growth
    453     _details->setLastExtentSize(txn, 0);
    454
    455     // create a new extent so new records go there
    456     increaseStorageSize(txn, _details->lastExtentSize(txn), true);
    467     for (std::vector<DiskLoc>::iterator it = extents.begin(); it != extents.end(); it++) {
    468         txn->checkForInterrupt();
    469         invariant(_details->firstExtent(txn) == *it);
    470         // empties and removes the first extent
    471         _compactExtent(txn, *it, extentNumber++, adaptor, options, stats);
    472         invariant(_details->firstExtent(txn) != *it);
    473         pm.hit();
    474     }

  3. 在_compactExtent的過程中,該extent的record逐漸被插入到新的extent里,空間逐步釋放,當全部record都清理完后,該extent又變成嶄新的,沒有使用過的extent了。如下圖

    324         while (!nextSourceLoc.isNull()) {
    325             txn->checkForInterrupt();
    326
    327             WriteUnitOfWork wunit(txn);
    328             MmapV1RecordHeader* recOld = recordFor(nextSourceLoc);
    329             RecordData oldData = recOld->toRecordData();
    330             nextSourceLoc = getNextRecordInExtent(txn, nextSourceLoc);
    371             CompactDocWriter writer(recOld, rawDataSize, allocationSize);
    372             StatusWith<RecordId> status = insertRecordWithDocWriter(txn, &writer);
    398             _details->incrementStats(txn, -(recOld->netLength()), -1);
              }

    上述即是_compactExtent函數(shù)中遍歷該extent的record,并插入到其他extent,并逐步釋放空間的過程(398行)。

mmap數(shù)據(jù)回寫

上面我們介紹.ns文件結構時談到.ns文件是通過mmap 映射到內存中的一個hashtable上,這個映射過程是通過DurableMappedFile 實現(xiàn)的。我們看下該模塊是如何做持久化的
在mmap 引擎的 finishInit中

252 void MMAPV1Engine::finishInit() {

253     dataFileSync.go();

這里調用 DataFileSync類的定時任務,在backgroud線程中定期落盤

 67     while (!inShutdown()) {
 69         if (storageGlobalParams.syncdelay == 0) {
 70             // in case at some point we add an option to change at runtime
 71             sleepsecs(5);
 72             continue;
 73         }
 74
 75         sleepmillis(
 76             (long long)std::max(0.0, (storageGlobalParams.syncdelay * 1000) - time_flushing));

 83         Date_t start = jsTime();
 84         StorageEngine* storageEngine = getGlobalServiceContext()->getGlobalStorageEngine();
 85
 86         dur::notifyPreDataFileFlush();
 87         int numFiles = storageEngine->flushAllFiles(true);
 88         dur::notifyPostDataFileFlush();
 97         }
 98     }

flushAllFiles最終會調用每個memory-map-file的flush方法

245 void MemoryMappedFile::flush(bool sync) {                                                         
246     if (views.empty() || fd == 0 || !sync)                                                       
247         return;                                                                                   
248                                                                                                   
249     bool useFsync = !ProcessInfo::preferMsyncOverFSync();                                         
250                                                                                                   
251     if (useFsync ? fsync(fd) != 0 : msync(viewForFlushing(), len, MS_SYNC) != 0) {               
252         // msync failed, this is very bad                                                         
253         log() << (useFsync ? "fsync failed: " : "msync failed: ") << errnoWithDescription()       
254               << " file: " << filename() << endl;                                                 
255         dataSyncFailedHandler();                                                                 
256     }                                                                                             
257 }
fsync vs msync

不管調用fsync 還是msync落盤,我們的預期都是內核會高效的查找出數(shù)據(jù)中的臟頁執(zhí)行寫回,但是根據(jù)https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-14129 以及下面的代碼注釋中
在有些操作系統(tǒng)上(比如SmartOS與 Solaris的某些版本), msync并不能高效的尋找臟頁,因此mmap引擎在這里對操作系統(tǒng)區(qū)別對待了。

208         // On non-Solaris (ie, Linux, Darwin, *BSD) kernels, prefer msync.
209         // Illumos kernels do O(N) scans in memory of the page table during msync which
210         // causes high CPU, Oracle Solaris 11.2 and later modified ZFS to workaround mongodb
211         // Oracle Solaris Bug:                                                                   
212         //  18658199 Speed up msync() on ZFS by 90000x with this one weird trick
213         bool preferMsyncOverFSync;

關于怎么分析MongoDb Mmap引擎就分享到這里了,希望以上內容可以對大家有一定的幫助,可以學到更多知識。如果覺得文章不錯,可以把它分享出去讓更多的人看到。

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