[R語(yǔ)言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle

查看GOplot內(nèi)示例數(shù)據(jù)的格式，對(duì)自己的數(shù)據(jù)做處理

在密山等地區(qū)，都構(gòu)建了全面的區(qū)域性戰(zhàn)略布局，加強(qiáng)發(fā)展的系統(tǒng)性、市場(chǎng)前瞻性、產(chǎn)品創(chuàng)新能力，以專(zhuān)注、極致的服務(wù)理念，為客戶提供網(wǎng)站制作、做網(wǎng)站 網(wǎng)站設(shè)計(jì)制作按需網(wǎng)站建設(shè),公司網(wǎng)站建設(shè),企業(yè)網(wǎng)站建設(shè),成都品牌網(wǎng)站建設(shè),成都營(yíng)銷(xiāo)網(wǎng)站建設(shè),成都外貿(mào)網(wǎng)站建設(shè)公司,密山網(wǎng)站建設(shè)費(fèi)用合理。

觀察結(jié)論：

觀察自己的兩個(gè)數(shù)據(jù)表：

table.legend 設(shè)置為T(mén)時(shí)會(huì)顯示表格

本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒(méi)有用R中的拼圖包

pprof 工具使用

golang pprof是golang的可視化和性能分析的工具。其提供了可視化的web頁(yè)面，火焰圖等更直觀的工具。

可以使用 go tool pprof 進(jìn)行使用

go tool pprof 來(lái)源于 google/pprof 項(xiàng)目，可以以如下方式安裝。

如果使用 -http 選項(xiàng)指定需要web交互頁(yè)面，則需要安裝 dot 。

ubuntu 上通過(guò)以下方式安裝：

需要我們的程序開(kāi)放了pprof web端點(diǎn)。一般建議的方式為,在需要使用的地方引用 net/http/pprof 包。

該方式會(huì)在默認(rèn)的 http.DefaultServeMux 中插入debug pprof端點(diǎn)。

不過(guò)在一般的開(kāi)發(fā)中不使用該方式，而是使用自定義的handler，如下。

pprof包內(nèi)調(diào)用 runtime 包中函數(shù)以獲取各種運(yùn)行時(shí)信息，其包含如下分析指標(biāo)。

allocs: 過(guò)去所有內(nèi)存分配的樣本

block: 導(dǎo)致同步原語(yǔ)阻塞的堆棧跟蹤

cmdline: 當(dāng)前程序的命令行調(diào)用，與/proc/中的 cmdline相同

goroutine: 當(dāng)前所有g(shù)oroutine的堆棧跟蹤

heap: A活動(dòng)對(duì)象的內(nèi)存分配的采樣。您可以指定gc GET參數(shù)以在獲取堆樣本之前運(yùn)行GC。

mutex: 競(jìng)爭(zhēng)互斥體持有人的堆棧痕跡

profile: CPU配置文件。您可以在秒GET參數(shù)中指定持續(xù)時(shí)間。獲取概要文件后，使用go tool pprof命令調(diào)查概要文件。

threadcreate: 導(dǎo)致創(chuàng)建新OS線程的堆棧跟蹤

trace: 當(dāng)前程序執(zhí)行的痕跡。您可以在秒GET參數(shù)中指定持續(xù)時(shí)間。獲取跟蹤文件后，請(qǐng)使用go工具trace命令調(diào)查跟蹤。

flat：函數(shù)上運(yùn)行耗時(shí)

flat%：函數(shù)上運(yùn)行耗時(shí) 總比例

sum%：函數(shù)累積使用 CPU 時(shí)間比例

cum：函數(shù)及之上的調(diào)用運(yùn)行總耗時(shí)

cum%：函數(shù)及之上的調(diào)用運(yùn)行總耗時(shí)比例

更方便的場(chǎng)景為使用web的交互頁(yè)面代替命令行頁(yè)面。與cpu性能分析相同，進(jìn)行內(nèi)存占用分析。

GO富集結(jié)果整體可視化

??GO (Gene Ontology )是一個(gè)基因功能的國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)分類(lèi)體系。意在從分子功能 (Molecular Function)、生物過(guò)程 (Biological Process)、和細(xì)胞組成 (Cellular Component) 三個(gè)層面對(duì)基因和蛋白質(zhì)功能進(jìn)行限定和描述，建立一個(gè)適用于各種物種并能隨著研究不斷深入而更新的語(yǔ)言詞匯標(biāo)準(zhǔn)。

??GO富集分析已經(jīng)算是很常規(guī)的分析內(nèi)容，可以很方便地將分析得到的基因集歸類(lèi)到不同的GO條目，從而讓研究者可以輕松地得知這些基因都參與哪些生物過(guò)程。GO分析的操作這里就不再贅述了，網(wǎng)上有很多相關(guān)的帖子，基本上常規(guī)的物種用clusterProfiler包就可以解決了。今天我想來(lái)談?wù)勅绾慰梢暬疓O分析的結(jié)果。對(duì)于GO富集結(jié)果的可視化，最常見(jiàn)的就是用條形圖和氣泡圖來(lái)展示部分關(guān)注的條目。

??上面兩種展現(xiàn)形式最為常見(jiàn)，可以很好地展示關(guān)注的條目。我們都知道有時(shí)候GO富集的條目會(huì)很多，如果想整體預(yù)覽一下，有沒(méi)有什么方法可以展示所有條目都涉及哪些功能呢？答案是肯定的。下面就來(lái)介紹一下simplifyEnrichment包是如何展示GO富集結(jié)果的。這里用該包中數(shù)據(jù)做一個(gè)演示。

結(jié)果如下圖：

??結(jié)果看起來(lái)還是有點(diǎn)高大上的感覺(jué)，從圖中可以看出496個(gè)GO條目根據(jù)條目名稱(chēng)的語(yǔ)意相似性被分成9個(gè)大類(lèi)，每個(gè)大類(lèi)右邊有注釋條，標(biāo)明了每個(gè)類(lèi)中涉及的條目關(guān)鍵字，有點(diǎn)類(lèi)似詞云的感覺(jué)。

??該包使用起來(lái)很簡(jiǎn)單，雖然不能準(zhǔn)確的展示每個(gè)GO條目，但可以從整體上概覽GO條目都涉及哪些方面，對(duì)于后續(xù)篩選還是很有幫助的。該包還有更為細(xì)節(jié)的用法，這里就不再贅述了，感興趣的可以自己去摸索。按照慣例最后附上官方說(shuō)明鏈接： Simplify Functional Enrichment Results 和 Word Cloud Annotation 。

網(wǎng)站名稱(chēng)：go語(yǔ)言可視化包,go語(yǔ)言開(kāi)發(fā)可視化界面
文章起源：http://aaarwkj.com/article12/dsigsdc.html

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