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DENdb采用5種不同的方法對(duì)人類不同細(xì)胞系中的增強(qiáng)子進(jìn)行了預(yù)測(cè)，同時(shí)還提供了增強(qiáng)子區(qū)域與DNA內(nèi)切酶超敏位點(diǎn)，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域的overlap信息，該數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址如下

http://www.cbrc.kaust.edu.sa/dendb/index.php

采用的5種方法列表如下

1. ChromHMM

2. Segway

3. RFECS

4. CSI-ANN

5. ENCODE integrated annotation

該數(shù)據(jù)庫中不同細(xì)胞系預(yù)測(cè)到的增強(qiáng)子數(shù)量匯總?cè)缦?/p>

每種方法對(duì)應(yīng)的增強(qiáng)子數(shù)量統(tǒng)計(jì)如下

目前該數(shù)據(jù)庫的檢索功能已經(jīng)失效了，只能從下載的文件中查看增強(qiáng)子的相關(guān)信息，從下載的enhancers.csv.zip文件中，可以查看每種細(xì)胞系中增強(qiáng)子的區(qū)間信息，部分文件內(nèi)容示意如下

從下載的dnase.csv.zip文件中，可以得到DNAse_seq鑒定到的DNAse酶超敏位點(diǎn)，部分文件內(nèi)容示意如下

從下載的enhancer_dnase.csv文件中，可以得到增強(qiáng)子與DNase酶超敏位點(diǎn)的交集信息，部分文件內(nèi)容示意如下

類似的從下載文件也可以得到TFBS以及增強(qiáng)子與TFBS的交集信息，同時(shí)還提供了增強(qiáng)子靶基因信息，根據(jù)enhancer_targets.tsv.zip文件可以得到該信息，部分文件內(nèi)容示意如下

該數(shù)據(jù)庫中的增強(qiáng)子區(qū)間信息是基于hg19版的基因組來定位的， 其預(yù)測(cè)增強(qiáng)子區(qū)間的方法值得借鑒。

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