ATAC-seq專(zhuān)題---生信分析流程

1、ATAC-seq信息分析流程主要分為以下幾個(gè)部分：數(shù)據(jù)質(zhì)控、序列比對(duì)、峰檢測(cè)、motif分析、峰注釋、富集分析，下面將對(duì)各部分內(nèi)容進(jìn)行展開(kāi)講解。 下機(jī)數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)過(guò)濾去除接頭含量過(guò)高或低質(zhì)量的reads，得到clean reads用于后續(xù)分析。

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2、ChIP-Seq原理是：首先通過(guò)染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP） 特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段 ，并對(duì)其進(jìn)行純化與文庫(kù)構(gòu)建；然后對(duì)富集得到的DNA片段進(jìn)行高通量測(cè)序。ATAC-seq是 全基因組范圍 內(nèi)，找出所有的OCR。

3、Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS2)是一款用于檢測(cè)基因富集區(qū)域的軟件。盡管是為ChIP-seq設(shè)計(jì)的，但也適用于ATAC-seq測(cè)序及其他有小峰的基因組富集分析。MACS2軟件的主程序是callpeak。

Linux使用diff命令怎么比較文件

patch 命令可以將diff命令的輸出應(yīng)用到原始的對(duì)比文件中，將新版本的更新應(yīng)用到原始的文件中。

diff 語(yǔ)法 diff [options]file1 file2 命令字 參數(shù) 待對(duì)比文件1 待對(duì)比文件2 [options]的主要參數(shù) -a：將所有文件當(dāng)作文本文件來(lái)處理。-b或–ignore-space-change 忽略空格造成的不同。

★命令格式：diff[參數(shù)][文件1或目錄1][文件2或目錄2]★參數(shù)：☆-行數(shù) 　指定要顯示多少行的文本。此參數(shù)必須與-c或-u參數(shù)一并使用?！?a或--text 　diff預(yù)設(shè)只會(huì)逐行比較文本文件。

linux命令?

1、linux常用命令：查看內(nèi)核版本：uname-a。圖形界面：init5或者startx。控制臺(tái)：init3或者直接注銷(xiāo)。如何查看ip地址：ifconfig。配置ip：ifconfigeth0ip地址。重啟：reboot或者shutdown-rnow。

2、linux常用命令如下：查看內(nèi)核版本：uname-a?？刂婆_(tái)-》圖形界面：init5或者startx。圖形界面-》控制臺(tái)：init3或者直接注銷(xiāo)。如何查看ip地址：ifconfig。配置ip：ifconfigeth0ip地址。

3、Linux 是一種自由和開(kāi)放源代碼的操作系統(tǒng)，它支持許多不同的命令行操作。以下是一些常見(jiàn)的 Linux 命令及其用途：cd：用于在文件系統(tǒng)中移動(dòng)目錄。例如，cd /（移動(dòng)到根目錄）、cd /usr/（移動(dòng)到 /usr 目錄）等。

4、linux基本操作命令：pwd命令、cd命令、ls命令、cat命令、cp命令。pwd命令 使用pwd命令找出您所在的當(dāng)前工作目錄的路徑。該命令將返回一個(gè)絕對(duì)（完整）路徑，該路徑基本上是所有以/開(kāi)頭的目錄的路徑。

Linux有什么比較命令的結(jié)果和tkdiff一樣的?要行對(duì)行的那種

1、如果你想比較兩個(gè)文件前 20 行的內(nèi)容，可以使用 Linux 命令 head。

2、①sort -rn -k 2 f1：按照文檔第二列的數(shù)值大小進(jìn)行降序排序。-n表示按照數(shù)值大小比較排序，默認(rèn)為升序，加上-r表示為降序，-k指定按照第幾列排序。②sort -rn -u -k 2 f1：-u表示去除重復(fù)行。

3、如果用“- ”表示file1或fiie2，則表示標(biāo)準(zhǔn)輸入。如果file1或file2是目錄，那么diff將使用該目錄中的同名文件進(jìn)行比較。例如： diff /usr/xu mine把目錄/usr/xu 中名為mine的文件與當(dāng)前目錄中的mine文件進(jìn)行比較。

4、Sort命令將逐行對(duì)文件中的內(nèi)容進(jìn)行排序，如果兩行的首字符相同，該命令將繼續(xù)比較這兩行的下一字符，如果還相同，將繼續(xù)進(jìn)行比較。

5、下面做一個(gè)簡(jiǎn)單的對(duì)比。\x0d\x0a啟動(dòng)\x0d\x0aLinux的啟動(dòng)操作過(guò)程和DOS相似(盡管如此，但作為操作系統(tǒng)本身，Linux在啟動(dòng)和退出時(shí)所作的工作要比DOS多得多)，也可以通過(guò)按下Ctrl＋Alt＋Del三鍵進(jìn)行熱啟動(dòng)。

linux文件查找命令比較

1、按名稱(chēng)查找文件你可以借助正則表達(dá)式使用完整或部分的文件名來(lái)定位文件。find命令需要你給出想搜索的目錄；指定搜索屬性選項(xiàng)，例如，-name用于指定區(qū)分大小寫(xiě)的文件名；然后是搜索字符串。

2、find命令是linux中最強(qiáng)大的查找文件的命令，它的格式為”find 指定目錄 指定條件 指定動(dòng)作“。

3、Linux文件系統(tǒng)具有良好的結(jié)構(gòu)，系統(tǒng)提供了很多文件處理程序。這里主要介紹常用的文件處理命令。 file 作用file通過(guò)探測(cè)文件內(nèi)容判斷文件類(lèi)型，使用權(quán)限是所有用戶(hù)。

4、Linux find命令用來(lái)在指定目錄下查找文件。任何位于參數(shù)之前的字符串都將被視為欲查找的目錄名。如果使用該命令時(shí)，不設(shè)置任何參數(shù)，則find命令將在當(dāng)前目錄下查找子目錄與文件，并且將查找到的子目錄和文件全部進(jìn)行顯示。

linux如何查看服務(wù)器序列號(hào)

linux怎么查看服務(wù)器的型號(hào)？我們一起來(lái)了解一下吧。 打開(kāi)linux系統(tǒng)，在linux的桌面的空白處右擊。在彈出的下拉選項(xiàng)里，點(diǎn)擊打開(kāi)終端。輸入dmidecode-t1命令，即可在下方出現(xiàn)的消息中查看到服務(wù)器的名稱(chēng)與型號(hào)。

你可以通過(guò)如下方式來(lái)進(jìn)行查看：hdparm命令[root@bbs ~]# hdparm -I /dev/sda 通過(guò)這個(gè)命令可以詳細(xì)查看。

Linux查看硬盤(pán)序列號(hào)的命令是：hdparm -i /dev/sda，若該用戶(hù)沒(méi)有執(zhí)行該命令的權(quán)限，可以加sudo 提升權(quán)限。-i參數(shù)用于顯示驅(qū)動(dòng)器的基本信息。/dev/sda為要查看的硬盤(pán)?？梢允褂胒disk -l命令查看硬盤(pán)名。

env # 查看環(huán)境變量 問(wèn)題七：如何查看linux服務(wù)器磁盤(pán)的具體型號(hào) 請(qǐng)先確定服務(wù)器是否有配 RAID。

linux服務(wù)器硬件型號(hào)查看的命令：命令如下：dmidecode | grep Product NameProduct Name： PowerEdge R210 II Product Name： OCP8FC 如果對(duì)顯示出來(lái)的結(jié)果不熟悉，到百度搜一下你就知道是哪個(gè)廠(chǎng)商的機(jī)器型號(hào)了。

在Linux系統(tǒng)中通過(guò)C語(yǔ)言獲取硬盤(pán)序列號(hào)，可以借助于ioctl()函數(shù)，該函數(shù)原型如下：int ioctl(int fd， unsigned long request， ...)；ioctl的第一個(gè)參數(shù)是文件標(biāo)識(shí)符，用open()函數(shù)打開(kāi)設(shè)備時(shí)獲取。

本文題目：linux命令比對(duì)序列 linux命令排序
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