如何用gggenes畫(huà)基因結(jié)構(gòu)圖

本篇文章為大家展示了如何用gggenes 畫(huà)基因結(jié)構(gòu)圖，內(nèi)容簡(jiǎn)明扼要并且容易理解，絕對(duì)能使你眼前一亮，通過(guò)這篇文章的詳細(xì)介紹希望你能有所收獲。

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gggenes是一款基于ggplot2開(kāi)發(fā)的R包，可以很方便的畫(huà)出下圖所示的基因結(jié)構(gòu)圖。

1.安裝R包

直接從CRAN官方源來(lái)安裝：

   
     
   
   
   install.packages("gggenes")

或者從github下載安裝：

devtools::install_github("wilkox/gggenes")

2. 準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù)

官方給的例子如下：

> head(example_genes)  molecule gene  start    end  strand direction1  Genome5 genA 405113 407035 forward         12  Genome5 genB 407035 407916 forward         13  Genome5 genC 407927 408394 forward         14  Genome5 genD 408387 408737 reverse        -15  Genome5 genE 408751 409830 forward         16  Genome5 genF 409836 410315 forward         1

輸入數(shù)據(jù)應(yīng)該包含6列，分別代表：

物種名基因名起始位置結(jié)束位置基因方向基因方向

如果不需要考慮畫(huà)出基因方向的話，只需要前4列數(shù)據(jù)就行：物種名，基因名，起始位置，結(jié)束位置

如果加上基因方向，就需要加上 strand 這一列，正負(fù)鏈分用“forward”和“reverse”表示。示例數(shù)據(jù)中的 direction 這一列是多余的，并不會(huì)被用到。

2. 作圖

library(ggplot2)library(gggenes)
ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end,   y = molecule, fill = gene)) +  geom_gene_arrow() +  facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +  scale_fill_brewer(palette = "Set3") +  theme_genes()

圖如下：

如何用gggenes畫(huà)基因結(jié)構(gòu)圖

可以看出來(lái)，使用的是我們熟悉的ggplot2語(yǔ)法，再加上 geom_gene_arrow() 函數(shù)來(lái)實(shí)現(xiàn)了基因結(jié)構(gòu)的作圖。

下面的我們加上方向，也加上基因名稱(chēng)，代碼如下：

ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end,     y = molecule, fill = gene, label = gene, forward = direction)) +    geom_gene_arrow() +    facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +    scale_fill_brewer(palette = "Set3") +    theme_genes() +    geom_gene_label(align = "left")

如何用gggenes畫(huà)基因結(jié)構(gòu)圖

label = gene, forward = direction 指定了基因名和基因方向

geom_gene_label(align = "left") 在圖上添加了基因名并靠左對(duì)齊

3. 其他用法

如何用gggenes畫(huà)基因結(jié)構(gòu)圖

gggenes也可以如上圖所示展現(xiàn)基因結(jié)構(gòu)域特征或者比對(duì)信息，可以使用geom_subgene_arrow() 函數(shù)來(lái)實(shí)現(xiàn)，需要額外用到另一份數(shù)據(jù)example_subgenes，代碼如下：

> head(example_subgenes)  molecule gene  start    end  strand subgene   from     to1  Genome5 genA 405113 407035 forward  genA-1 405774 4065382  Genome5 genB 407035 407916 forward  genB-1 407458 4078973  Genome5 genC 407927 408394 forward  genC-1 407942 4081584  Genome5 genC 407927 408394 forward  genC-2 408186 4082095  Genome5 genC 407927 408394 forward  genC-3 408233 408257

ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule)) +  facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +  geom_gene_arrow(fill = "white") +  geom_subgene_arrow(data = example_subgenes,    aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene,        xsubmin = from, xsubmax = to), color="black", alpha=.7) +  theme_genes()

上述內(nèi)容就是如何用gggenes 畫(huà)基因結(jié)構(gòu)圖，你們學(xué)到知識(shí)或技能了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或者豐富自己的知識(shí)儲(chǔ)備，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。

標(biāo)題名稱(chēng)：如何用gggenes畫(huà)基因結(jié)構(gòu)圖
標(biāo)題路徑：http://aaarwkj.com/article28/gjdgjp.html

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