linux sublime text 3怎么調(diào)試c++11標(biāo)準

關(guān)于Sublime text3配置編譯環(huán)境使其支持C++11,在網(wǎng)上找了很多，卻發(fā)現(xiàn)大部分材料都對Linux和Windows下的環(huán)境配置沒有做區(qū)分，無獨有偶在網(wǎng)上找到了一個老外寫的有關(guān)配置sublime Text3 的內(nèi)容，十分詳細，而且還可以解決在sublime text下編譯運行C++不能輸入的問題，感覺比國內(nèi)某些文章寫的好多了，特摘抄下來，方便日后使用：

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# Why sublime-text?

# Because, it is lightweight, portable, and runs on Win/Linux/MacOS.

# and it is really awesome.

# it is more flexible and extensible.

# You can turn your Sublime-text editor into a FULL featured IDE.

# I really use it for C/C++/HTML/JS/CSS/Python/Java, and it is great.

# Sublime-Text Editor is more real, because it allows you to customize almost everything.

# For Compiled languages, you can use pre-built BUILD SYSTEM or create your own.

# Snippet, that is a great idea and that would be great if you learn, how to write snippet and use them.

Linux中查看不到crontab，輸入安裝命令[root@HMM ~]# yum -y install vixie-cron 后，依舊無crontab

輸入crontab試試有沒有命令，沒有的話安裝：

yum install crontabs -y

怎么使用hmmer比對多個query基因

hmmer下載與安裝

對于Mac OS/X, Linux, UNIX系統(tǒng)，用源代碼編譯安裝：

% wget % tar zxf hmmer-3.0.tar.gz % cd hmmer-3.0 % ./configure % make % make check

windows系統(tǒng)，直接下載二進制壓縮包，解壓就可以使用。

hmmer包含的程序

phmmer： 與Blastp類似，使用一個蛋白質(zhì)序列搜索蛋白質(zhì)序列庫；

phmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa

jackhmmer： 與psiBlast類似，蛋白質(zhì)序列迭代搜索蛋白質(zhì)序列庫；

jackhmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa

hmmbuild： 用多重比對序列構(gòu)建HMM模型；

hmmsearch： 使用HMM模型搜索序列庫；

hmmscan： 使用序列搜索HMM庫；

hmmalign： 使用HMM為線索，構(gòu)建多重比對序列；

hmmalign globins4.hmm tutorial/globins45.fa

hmmconvert： 轉(zhuǎn)換HMM格式

hmmemit： 從HMM模型中，得到一個模式序列；

hmmfetch： 通過名字或者接受號從HMM庫中取回一個HMM模型；

hmmpress：格式化HMM數(shù)據(jù)庫，以便于hmmscan搜索使用；

hmmstat： 顯示HMM數(shù)據(jù)庫的統(tǒng)計信息；

使用HMM模型搜索序列數(shù)據(jù)庫

使用hmmbuild構(gòu)建HMM模型，輸入為Stockholm格式或者FASTA格式的多重比對序列文件（如：tutorial/globins4.sto），命令如下：

hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto

globins4.hmm為輸出的HMM模型

使用hmmsearch搜索蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫為FASTA格式，命令如下：

hmmsearch globins4.hmm uniprot sprot.fasta globins4.out

globins4.out為輸出的結(jié)果文件，如下：

*示例使用官方教程中的示例

使用蛋白質(zhì)序列搜索HMM數(shù)據(jù)庫

構(gòu)建HMM數(shù)據(jù)庫，HMM數(shù)據(jù)庫是包含多個HMM模型的文件，可以從Pfam、SMART、TIGRFams下載，也可以自己由多重比對序列集中構(gòu)建，如：

hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto

hmmbuild fn3.hmm tutorial/fn3.sto

hmmbuild Pkinase.hmm tutorial/Pkinase.sto

cat globins4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm minifam

使用hmmpress格式化數(shù)據(jù)庫，包括壓縮以及創(chuàng)建索引，命令如下：

hmmpress minifam

這個步驟可以很快的執(zhí)行完成，輸出的內(nèi)容如下：

Working… done.

Pressed and indexed 3 HMMs (3 names and 2 accessions).

Models pressed into binary file: minifam.h3m

SSI index for binary model file: minifam.h3i

Profiles (MSV part) pressed into: minifam.h3f

Profiles (remainder) pressed into: minifam.h3p

使用hmmscan搜索HMM數(shù)據(jù)庫，命令如下：

hmmscan minifam tutorial/7LESS_DROME

linux的一個問題

疑惑應(yīng)該主要在第1點，我的理解是這樣的：

第1步的編譯，依賴于Vlfeat, Cplex, GSL Cblas（可能用到了里面的文件，假設(shè)是a.h），因此直接編譯的話是編譯不過的，需要你給出這幾個文件的路徑，

然后編譯器才能知道要去哪里找a.h，需要在makefile中加類似如下的信息：

MYINC=-I../../../util/ -I../../include/ -I../../../include/ \ //這里面是Vlfeat, Cplex, GSL Cblas的路徑

-I../test/ -I../../util/

而Vlfeat, Cplex, GSL Cblas是什么東西我就不清楚了，因為第1中要求modify，建議你把makefile給出來，有助于大家解答

當(dāng)前文章：Linux的hmm命令 Linux dh命令
網(wǎng)頁路徑：http://aaarwkj.com/article30/docpcso.html

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