R語言繪圖（ggplot2、ggpubr）從入門到精通04--柱狀圖美化之調(diào)色

本系列課程要求大家有一定的R語言基礎(chǔ)，對于完全零基礎(chǔ)的同學(xué)，建議去聽一下師兄的《生信必備技巧之——R語言基礎(chǔ)教程》。本課程將從最基本的繪圖開始講解，深入淺出的帶大家理解和運用強大而靈活的ggplot2包。內(nèi)容包括如何利用ggplot2繪制散點圖、線圖、柱狀圖、添加注解、修改坐標(biāo)軸和圖例等。

目前創(chuàng)新互聯(lián)公司已為上1000+的企業(yè)提供了網(wǎng)站建設(shè)、域名、雅安服務(wù)器托管、網(wǎng)站托管、服務(wù)器托管、企業(yè)網(wǎng)站設(shè)計、來賓網(wǎng)站維護等服務(wù)，公司將堅持客戶導(dǎo)向、應(yīng)用為本的策略，正道將秉承"和諧、參與、激情"的文化，與客戶和合作伙伴齊心協(xié)力一起成長，共同發(fā)展。

本次課程所用的配套書籍是： 《R Graphic Cookbooks》

除了以上的基本圖形外，師兄還會給大家講解箱線圖、提琴圖、熱圖、火山圖、氣泡圖、?；鶊D、PCA圖等各種常用的生信圖形的繪制，還不趕緊加入收藏夾，跟著師兄慢慢學(xué)起來吧！

柱狀圖可能是最常用的一種數(shù)據(jù)可視化。它們通常用于顯示數(shù)值(在y軸上)，用于顯示不同類別的數(shù)值(在x軸上)。例如，柱狀圖可以用來顯示四種不同商品的價格。柱狀圖通常不適合顯示一段時間內(nèi)的價格，因為時間是一個連續(xù)的變量。

在制作柱狀圖時，您應(yīng)該注意一個重要的區(qū)別:柱狀圖的高度有時表示數(shù)據(jù)集中的案例數(shù)，有時表示數(shù)據(jù)集中的值。記住這一區(qū)別——這可能會引起混淆，因為它們與數(shù)據(jù)的關(guān)系非常不同，但兩者使用相同的術(shù)語。

拓展： position參數(shù)： 此處的position主要是指對圖像的微調(diào)，最常見的應(yīng)用是在分組的柱形圖（bar）中，因為分組的柱形圖會產(chǎn)生組內(nèi)堆積和不堆積兩種主要效果。

【R語言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問題

前面我給大家詳細介紹過

?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個函數(shù)，多了個 label_format 參數(shù)

我們來看看這個參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個參數(shù)默認值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長度大于30個字符就會被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調(diào)節(jié)一下這個參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

R語言繪圖——條形圖/柱狀圖

直方圖又稱柱狀圖/條形圖，用來展示連續(xù)數(shù)據(jù)分布的常用工具，用來估計數(shù)據(jù)的概率分布。

使用格式：hist(x,breaks=n,main="name",labels=FASLE,col="blue",border="red",freq=TRUE)

x 向量，直方圖的數(shù)據(jù);

breaks 描直方圖的斷點,例如breaks=20表示畫出20個柱子；

labels 邏輯變量，TRUE標(biāo)出頻數(shù)

main 標(biāo)題

col 顏色

border外框顏色

freq 邏輯變量，TRUE為數(shù)據(jù)頻數(shù)，默認為TRUE；FALSE則為密度

我們可以用lines畫出數(shù)據(jù)的密度曲線

還可以畫正態(tài)分布的密度曲線

使用格式 ggplot(data,aes(x=class))+geom_bar()

x 繪制的數(shù)據(jù)

或者 ggplot(data,aes(y=class))+geom_bar(),則類型分布在y軸

當(dāng)想看在該因素中其他因素的情況，可以利用fill進行繪制，得出疊堆條形圖

橫向的柱狀

大多數(shù)時候我們想比較多個組直接某些因素的情況，例如有時候我們要畫幾個樣本中各個細胞比例的情況

這是我們可以畫堆疊條形圖

此時不好比較，我們可以把同類型細胞放在一塊比較，即橫坐標(biāo)變?yōu)榧毎愋?/p>

在實驗過程中可以采用容易分析的形式進行比較

以上是基本繪制的參數(shù)，此外還有美化的一些參數(shù)

labs 橫縱坐標(biāo)軸的名稱

ggttitle 標(biāo)題名稱

geom_bar(width= )設(shè)置條形大小，默認情況下，設(shè)置為數(shù)據(jù)分辨率的90%。

theme_bw() 改變背景顏色

scale_fill_manual 自定義顏色

更多參數(shù)見 R語言繪圖——數(shù)據(jù)可視化ggplot2 介紹和主要的參數(shù)

分享題目：go柱狀圖R語言,用R軟件做Go分析柱狀圖
新聞來源：http://aaarwkj.com/article30/dsisoso.html

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